Gospin otok je prema nekim izvorima prvo naselje Hrvata u ovom kraju. U X. stoljeću, na mjestu današnje crkve, hrvatska kraljica Jelena sagradila je dvije crkve: Blažene Djevice Marije i Svetog Stjepana među čijim ruševinama su pronađeni i nadgrobni natpis kraljice Jelene te ostaci Jelenina sarkofaga. Na Otoku je bilo mnogo brijesta, pa je narod ovu crkvu zvao i Gospa u Bristima, a vrelo zapadno od Crkve, čija se voda ne bi zamutila ni za najvećih kiše, nazvano je Gospin bunarić.
I ove dvije Jelenine crkve spadaju u red takozvanih dvojnih crkava. Po srednjovjekovnom običaju kraljevi se pokapaju u onoj crkvi u kojoj se i krune pa je vjerojatno crkva Gospe od Otoka bila i krunidbena bazilika. Na tom istom mjestu podignuta je današnja crkva približno istih dimenzija u kojoj se održavaju svetkovine rođenja Blažene Djevice Marije. 1998. godine Papa Ivan Pavao II. je pohodio ovo svetište i na Gospinom otoku održao misu za mlade.