Die Insel der Mutter Gottes ist einigen Quellen zufolge die erste Ansiedlung der Kroaten in dieser Gegend. Im 10. Jahrhundert ließ Königin Jelena an Stelle der heutigen Kirche zwei Gotteshäuser errichten: Diese waren der Geheiligten Jungfrau Maria und dem hl. Stephanus geweiht. Zwischen den Ruinen fand man eine Grabinschrift von Königin Jelena sowie Überreste ihres Sakrophags. Auf der Insel wachsen reichlich Ulmen, so dass die Kirche im Volksmund oftmals nur Mutter Gottes in den Ulmen genannt wurde. Und eine Quelle, westlich der Kirche, deren Wasser nicht einmal nach den heftigsten Regenfällen getrübt ist, wird Brünnlein der Mutter Gottes genannt.
Die beiden Gotteshäuser von Königin Jelena wurden als Zwillingskirchen errichten. Der mittelalterlichen Tradition zufolge wurden Könige in jener Kirche bestattet, in der sie auch gekrönt wurden und daher war die Kirche der Mutter Gottes von der Insel zugleich eine Krönungs-Basilika. An gleicher Stelle wurde die heutige Kirche mit ungefähr den gleichen Dimensionen errichtet, hier werden Feste zu Ehren Mariä Geburt gefeiert. 1998 beehrte Papst Johannes Paul II. diesen Wallfahrtsort und feierte auf der Insel der Mutter Gottes eine Messe mit jungen Christen.